Az eredeti SR-71 legemlékezetesebb változata az M-21 volt. Ezt az SR-71-et úgy építették át, hogy a D-21-es pilóta nélküli gép szállítására és elindítására legyen képes. A Tagboard néven is ismert szerkezet még gyorsabban és még magasabban repült.

A kavarodást csak tovább tetézte, hogy ezt a változatot M-21-nek nevezték, amikor nem volt rajta a távirányított repülőgép, és MD-21-nek, amikor meg igen. A D-21-es teljesen autonóm rendszer volt, ami indítása után átrepült a célpont felett, majd egy megadott pontra repülve ejtőernyővel kidobta a megszerzett adatcsomagot. Ezt a csomagot repülés közben a levegőben kapta volna el egy [[C-130 (repülő)|C-130] Hercules, majd a távirányított gép felrobbant. Ezt a programot 1966-ban törölték, miután az anyahajóról való leválás után nem sokkal a távirányított repülő belecsapódott az M-21-be, megsemmisítette a repülőgépet és a távirányító pilóta halálát okozta.

Az egyetlen megmaradt M-21-et egy D-21B távirányított repülővel együtt a Seattle-i repülési múzeumban állították ki.